เพื่อตรวจหาปรสิตที่อาศัยอยู่ในลำไส้หรืออวัยวะอื่นๆ ที่มีทางติดต่อกับลำไส้ และเป็นการตรวจหน้าที่ของระบบย่อยอาหารรวมถึงการดูดซึมอาหารและโรคอื่นๆ ดังต่อไปนี้

• ลักษณะ ดูลักษณะเหลว ก้อน มีมูกหรือไม่ มีเลือดหรือไม่
• สีของอุจาระ สีของอุจาระนอกจากจะเกิดจากลักษณะอาหารที่เรารับประทานเข้าไปยังเกิดจากน้ำดีที่หลั่งออกมาจากถุงน้ำดีและเลือดที่ออกในทางเดินอาหาร อุจาระสีขาวอาจจะเกิดจากท่อน้ำดีอุดตัน อุจาระสีดำรวมถึงมีเลือดออกในกระเพาะ อุจาระมีเลือดสดปนหมายถึงมีเลือดตั้งแต่ลำไส้ใหญ่
• ดูไข่พยาธิจากกล้องจุลทรรศน์
• ตรวจหาเลือดในอุจาระ บางครั้งเลือดที่ออกมีปริมาณน้อยไม่สามารถแยกด้วยตาเปล่าจึงต้องใช้ปฏิกิริยาทางเคมีเพื่อตรวจหาเลือดในอุจาระถ้าให้ผลบวกแสดงว่าตลอดทางเดินอาหารมีเลือดออกซึ่งอาจจะเกิดจาก แผลในกระเพาะอาหาร มะเร็งทางเดินอาหาร ริดสีดวงทวารหนัก